Olink NextSeq 2000 Explore Sequence User Manual

ʻIkepili huna

1 Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

2 Hoʻolauna

3 Nā ʻōlelo aʻo hale hana

4 Moʻolelo hoʻoponopono

5 Palapala / Punawai

5.1 Nā kuhikuhi

6 Nā leka pili

Olink NextSeq 2000 Explore Sequence

palapala palapala
ʻO ka Olink® Explore User manual, doc nr 1153, ua kahiko ʻia, a ua pani ʻia e kēia mau palapala:

Olink® Explore Overview Palapala Hoʻohana, doc nr 1187

Olink® Explore 384 User Manual, doc nr 1188
Olink® Explore 4 x 384 User Manual, doc nr 1189

Olink® Explore 1536 & Expansion User Manual, doc nr 1190
Olink® Explore 3072 User Manual, doc nr 1191

Olink® Explore Sequencing using NextSeq 550 User Manual, doc nr 1192
Olink® Explore Sequencing using NextSeq 2000 User Manual, doc nr 1193

Olink® Explore Sequencing using NovaSeq 6000 User Manual, doc nr 1194

Hoʻolauna

Hoʻohana ʻia
ʻO Olink® Explore kahi kahua immunoassay multiplex no ka ʻike ʻana i ka biomarker protein kanaka. Hoʻohana ʻia ka huahana no ka noiʻi ʻana wale nō, ʻaʻole no ka hoʻohana ʻana i nā kaʻina hana diagnostic. E hoʻokele wale ʻia ka hana keʻena e nā limahana i hoʻomaʻamaʻa ʻia. E hana wale ʻia ka ʻikepili e nā limahana i aʻo ʻia. Hoʻohana ʻia nā hopena e nā mea noiʻi i hui pū me nā ʻike lapaʻau ʻē aʻe a i ʻole nā mea hoʻokolohua.
E pili ana i kēia manual
Hāʻawi kēia Manual Mea hoʻohana i nā ʻōlelo aʻo e pono ai e hoʻonohonoho i ka Olink® Explore Libraries ma Illumina® NextSeq™ 2000. Pono e hahai pono ʻia nā ʻōlelo aʻoaʻo. Hiki ke hoʻopilikia ʻia ka ʻikepili i nā ʻeʻe ʻē aʻe ma nā ʻanuʻu ʻoihana. Ma mua o ka hoʻomaka ʻana i ke kaʻina hana hoʻokolohua, e ʻimi i ka Olink® Explore Overview Mea Hoʻohana Manual no ka hoʻolauna ʻana i ka paepae, me ka ʻike e pili ana i nā reagents, nā lako a me nā palapala e pono ai, a pauview o ke kaʻina hana, a me nā alakaʻi hoʻokolohua. No nā kuhikuhi e pili ana i ka holo ʻana i nā Olink® Explore Reagent Kits, e nānā i ka Olink® Explore User Manual. No ka hoʻoponopono ʻikepili a me ka nānā ʻana i nā hopena o ke kaʻina Olink® Explore, e nānā i ka Olink® NPX Explore User Manual. Na Olink® Proteomics AB nā hōʻailona kālepa a me nā kuleana kope i loko o kēia mea, ke ʻole ka ʻōlelo ʻē aʻe.
Kākoʻo ʻenehana
No ke kākoʻo ʻenehana, e kelepona iā Olink Proteomics ma support@olink.com.

Nā ʻōlelo aʻo hale hana

Hāʻawi kēia mokuna i nā ʻōlelo aʻo e pili ana i ka hoʻonohonoho ʻana i nā waihona Olink ma NextSeq™ 2000 me ka hoʻohana ʻana i ka NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3. ʻO ka protocol i hoʻohana ʻia no ka hoʻonohonoho ʻana he hoʻololi ia o ke kahe hana NGS maʻamau o Illumina® no Illumina® NextSeq™ 2000.
Ma mua o ka hoʻomaka ʻana i ke kaʻina hana, e hōʻoia i ka maikaʻi o ka hale waihona puke Olink i hoʻomaʻemaʻe ʻia. E nānā i ka Olink Explore User Manual no nā ʻōlelo aʻo e pili ana i ka hoʻomalu maikaʻi.
E hoʻolālā i ka holo ʻana
Hiki ke hoʻonohonoho ʻia hoʻokahi Olink Library no NextSeq™ 2000 P2 flow cell a me kēlā me kēia holo. Hōʻike ʻia ka helu o nā pūnaewele kahe P2 a me nā holo e hoʻonohonoho i nā ʻokoʻa Olink Explore Reagent Kits ma ka Papa 1.
Inā makemake ʻia ka holo ʻana ma mua o hoʻokahi, e hana hou i nā kuhikuhi i wehewehe ʻia ma kēia manual.
Papa 1. Ka hoʻolālā holo ʻana

Olink® Explore Reagent Kit	Ka helu o nā Hale Waihona Puke Olink	Ka helu o ke kahe (mau) a me ka holo (mau)
Olink® Explore 384 Reagent Kit	1	1
Olink® Explore 4 x 384 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 1536 Reagent Kit	4	4
Olink® Explore Expansion Reagent Kit	4	4
Olink® Explore 3072 Reagent Kit	8	8

E hoʻomākaukau iā Olink® Custom recipe
I loko o kēia kaʻina, ua hoʻomākaukau ʻia ka meaʻai maʻamau Olink® ma NextSeq™ 2000. Pono e hana ʻia kēia ʻanuʻu i hoʻokahi wale nō, ma mua o ka hana ʻana o ka holo kaʻina Olink no ka manawa mua.
Wehe a mālama i ka Olink custom recipe XML-file Olink_NSQ2K_P2_V1 i loko o kahi waihona mea hana kūpono.
MANAʻO: E hana wale ana ka mea ʻai maʻamau o Olink me ka NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagents (100 Cycles) v3 kit a me ka NextSeq™ 1000/2000 control software v1.2 a i ʻole v1.4.

E hoʻomākaukau i nā reagents sequencing
I loko o kēia kaʻina, hoʻoheheʻe ʻia ka pahu reagent i loko o ka clustering a me ka sequencing reagents a hoʻomākaukau ʻia ka cell flow.

'Ōlelo Aʻo: Aia i loko o ka pahu pahu reagent nā kemika weliweli. E hoʻohana i nā lako pale pono a hoʻolei i nā reagents i hoʻohana ʻia e like me nā kūlana kūpono. No ka ʻike hou aku, e nānā i ka Illumina NextSeq 1000 a me 2000 System Guide (palapala #1000000109376).

E hoʻomākaukau i ka pahu reagent
Hiki ke hoʻoheheʻe ʻia ka pahu pahu i wehe ʻole ʻia me ka hoʻohana ʻana i ʻekolu mau ʻano like ʻole: ma ke ana wela, ma ka ʻauʻau wai hoʻomalu, a i ʻole i loko o ka friji.

E hoʻomākaukau i kahi noho

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 mau pōʻai)

Nā kuhikuhi
E hoʻoheheʻe i ka pahu reagent e like me ka wehewehe ʻana ma ka Papa 2.
Papa 2. Nā ʻano hoʻoheheʻe pahu pahu reagent

ʻano hoʻoheheʻe	Nā kuhikuhi
Ma ka lumi wela	• Me ka wehe ʻole ʻana i ka ʻeke ʻeke kālā, e kau i ka pahu pahu reagent paʻakiki ma luna o ka noho a hoʻoheheʻe ʻia ma ka lumi wela no 9 mau hola. Mai ʻoi aku ma mua o 16 mau hola. • E hōʻoia i ka huli ʻana o ka lepili ʻeke i luna a hiki i ka ea ke kaapuni a puni ka pahu pahu.
I loko o kahi ʻauʻau wai	• Me ka wehe ʻole ʻana i ka ʻeke ʻeke kālā, e hoʻokomo i ka pahu pahu reagent paʻa i ka hapalua i hoʻokomo ʻia i loko o kahi ʻauʻau wai he 25 °C a e hoʻoheheʻe ʻia no 6 mau hola. Mai ʻoi aku ma mua o 8 mau hola. • E hōʻoia i ka huli ʻana o ka lepili ʻeke i luna a ʻaʻole e huli ka pahu pahu i ka wā e hoʻolulu ai. • E hoʻomaloʻo i ka pahu pahu me kahi kāwele pepa.
I loko o ka pahu hau	• Me ka wehe ʻole ʻana i ka ʻeke ʻeke kālā, e kau i ka pahu pahu ma luna o ka noho a hoʻoheheʻe ʻia ma ka lumi wela no 6 mau hola. • E hōʻoia i ka huli ʻana o ka lepili ʻeke i luna a hiki i ka ea ke kaapuni a puni ka pahu pahu. • E hoʻopau i ka hoʻoheheʻe ʻana i ka pahu pahu i loko o ka friji no 12 mau hola. Mai ʻoi aku ma mua o 72 hola. • Ma mua o ka holo ʻana, e wehe i ka pahu pahu i wehe ʻole ʻia mai ka pahu hau a hiki i ka wela o ka lumi ma kahi o 15 mau minuke, akā ʻaʻole ʻoi aku ma mua o 1 hola.

MANAʻO: ʻAʻole hiki ke hoʻopaʻa ʻia nā pahu pahu i hoʻoheheʻe ʻia a pono e mālama ʻia ma 4 °C, no ka manawa kiʻekiʻe o 72 mau hola.

E hoʻomākaukau i ka cell flow Prepare bench

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell

Nā kuhikuhi

E lawe mai i ka pahu hau i loko o ka lumi wela no 10-15 mau minuke.

E hoʻomākaukau i ka Hale Waihona Puke Olink® no ka hoʻonohonoho ʻana

I loko o kēia kaʻina, ua hoʻoheheʻe ʻia ka Hale Waihona Puke Olink i hoʻomaʻemaʻe ʻia a me ka maikaʻi i ka manaʻo hoʻouka hope loa. E hoʻomanaʻo e hana ʻakomi ʻia ka denaturation o ka waihona ma luna o ka mea kani.
E hoʻomākaukau i kahi noho

Lib Tube, i hoʻomākaukau ʻia e like me ka Olink Explore User Manual

1x RSB me waena o 20
wai MilliQ

2x Nā paipu Microcentrifuge (1.5 mL)
ʻO ka pipette lima (10, 100 a me 1000 μL)

ʻO nā ʻōlelo aʻoaʻo pipette kānana

Ma mua o kou hoʻomaka

E hoʻoheheʻe i ka Lib Tube inā maloʻo.
E hoʻoheheʻe i ka RSB paʻa me ka Tween 20 ma ke ana wela no 10 mau minuke. E mālama ma +4 °C a hiki i ka hoʻohana ʻana.
E kaha i na paipu microcentrifuge hou 1.5 mL penei:
- E kaha i ho'okahi paipu "Dil" (no ka Hale Waihona Puke 1:100)
- E kaha i hoʻokahi paipu "Seq" (no ka mākaukau e hoʻouka i ka Hale Waihona Puke)

Nā kuhikuhi

E hoʻohui i 495 μL o ka wai MilliQ i ka Dil Tube.
Vortex ka Lib Tube a milo iki i lalo.
Hoʻololi lima lima i ka 5 μL mai ka Lib Tube i ka Dil Tube.
Vortex ka Dil Tube a milo iki i lalo.
E hoʻohui i 20 μL o RBS me Tween 20 i ka Seq Tube.
Hoʻololi lima lima i 20 μL mai ka Dil Tube i ka Seq Tube.
Vortex ka Seq Tube a milo iki i lalo.
E hoʻomau koke i ka 2.5 Hoʻouka i ka cell flow cell a me Olink® Library i loko o ka pahu pahu reagent. NĀ MEA: E mālama i ka Lib Tube(s) ma -20 °C inā hiki ke hoʻokuʻu hou.

E hoʻouka i ka cell flow cell a me Olink® Library i loko o ka pahu pahu reagent
I loko o kēia kaʻina, hoʻokomo ʻia ka cell flow a me ka waihona Olink diluted i loko o ka pahu reagent thawed.
E hoʻomākaukau i kahi noho

1x Thawed NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycles), i hoʻomākaukau ʻia i ka pae mua.
1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell, i hoʻomākaukau ʻia i ka pae mua
Sex Tube (me ka Olink Library i hoʻomākaukau ʻia i ka hoʻouka ʻana), hoʻomākaukau ʻia i ka pae mua

ʻO ka pipette lima (100 μL)
ʻĀpana paipu (1 mL)

E hoʻomākaukau i ka pahu pahu

Wehe i ka pahu pahu mai ka ʻeke pepa kala.
E hoʻohuli i ka pahu pahu he ʻumi manawa e hoʻohui pono i nā reagents i hoʻoheheʻe ʻia i loko.

MANAʻO: He mea maʻamau ka lohe ʻana i nā ʻāpana o loko e kani ana.

E hoʻouka i ke kahe kahe i loko o ka pahu pahu

Ke mākaukau e hoʻouka i ke kahe kahe i loko o ka pahu pahu, e wehe i ke kahe kahe mai ka pūʻolo. E paʻa i ke kahe kahe ma ka ʻaoʻao hina, me ka lepili ma ka ʻaoʻao e kū pono ana i luna. E hoʻohana i nā mīkina lima pauda hou e pale aku ai i ka hoʻohaumia ʻana i ka ʻili aniani o ka cell flow.
E hoʻokomo i ke kahe kahe i loko o ka slot cell flow ma ke alo o ka pahu pahu. Hōʻike ke kaomi ʻana i ka hoʻonohonoho pono ʻana o ke kahe kahe.

Wehe i ka ʻaoʻao hina ma ka huki ʻana i waho.

E hoʻouka i ka Olink® Library i loko o ka pahu pahu

E ʻoki i ka waihona waihona me ka 1 mL pipette maʻemaʻe.

E hoʻouka i 20 μL o ka Olink Library mai ka Seq Tube i lalo o ka waihona waihona.

Hana i ka holo ʻana o Olink®
I loko o kēia kaʻina, hoʻokomo ʻia ka pahu pahu Buffer me ka cell flow loaded a me Olink Library i ka NextSeq™ 2000, a hoʻomaka ka holo ʻana me ka hoʻohana ʻana i ka meaʻai Olink.
E hoʻomākaukau i kahi noho

1x NextSeq™ 1000/2000 P2 Reagent Cartridge (100 cycles) i hoʻouka ʻia me ka NextSeq™ 1000/2000 P2 Flow Cell a me ka waihona Olink diluted, i hoʻomākaukau ʻia ma ka pae mua.

E hoʻonohonoho i ke ʻano holo

Mai ka papa kuhikuhi polokalamu hoʻomalu, koho Nā hoʻonohonoho.
Ma lalo o BaseSpace Sequence Hub Services & Proactive Support, koho Local Run Setup.

E koho i ke kākoʻo proactive wale nō ma ke ʻano he hoʻonohonoho hou. Pono kēia hana i kahi pilina pūnaewele.
E koho i ka wahi hoʻokipa no kāu ʻikepili. Pono ka wahi hoʻokipa ma loko a kokoke paha i kou wahi.
E hoʻonoho i kahi waihona waihona puka no ka ʻikepili maka o kēia manawa. E koho E hoʻokele a koho i ka waihona puka.

E koho i ka pahu pahu Denature a Dilute On Board e hoʻopau ʻokoʻa a hoʻoheheʻe i ka waihona ma luna o ka mea kani.
E koho i ka pahu pahu pahu Purge Reagent Cartridge e hoʻomaʻemaʻe aunoa i nā reagents i hoʻohana ʻole ʻia i ke keʻena reagent i hoʻopau ʻia o ka pahu pahu.
E koho i ka pahu hōʻoia Autocheck no nā polokalamu hoʻohou no ka nānā ʻokoʻa no nā polokalamu hou (ke koho). Pono kēia hana i kahi pilina pūnaewele.

E koho i Save.

Hoʻonohonoho i nā ʻāpana holo

MANAʻO: Pili kēia ʻōlelo aʻo i ka mana 1.4 o ka polokalamu mana NextSeq™ 1000/2000. He ʻokoʻa paha kekahi o nā ʻanuʻu i wehewehe ʻia ma lalo ke hoʻohana ʻana i ka mana v1.2

Mai ka papa kuhikuhi polokalamu hoʻomalu, koho Hoʻomaka.
E koho Manually Set Up New Run a pēhi Setup.
Ma ka ʻaoʻao Run Setup, e hoʻonohonoho i nā ʻāpana holo e like me kēia:

Ma ka Run Name field, e hoʻokomo i kahi ID hoʻokolohua kūʻokoʻa.
Ma ka papa helu hāʻule iho o ka Read Type, koho i ke koho Hoʻokahi heluhelu.

E hookomo i ka helu o na kaapuni penei:

- Heluhelu 1: 24
- Papa kuhikuhi 1: 0
- Papa kuhikuhi 2: 0
- Heluhelu 2: 0

MANAʻO: He mea koʻikoʻi ka heluhelu ʻana 1 i ka 24, inā ʻaʻole e pau ka holo holoʻokoʻa.
MANAʻO: E haʻalele i nā leka hoʻomaopopo i ke komo ʻana i ka helu o nā pōʻai.

Ma ka papa inoa hāʻule iho i lalo o Custom Primer Wells, koho No.
Ma ke kahua Kuʻuna Kūʻai (koho), koho E koho e hoʻokele a koho i ka meaʻai maʻamau XML file Olink_NSQ2K_P2_V1. E koho wehe.
Mai lawe mai i kahi Sample Pepa.

E hōʻoia i ka pololei o ka Output Folder wahi. A i ʻole, koho E koho e hoʻokele a koho i ka wahi waihona puka i makemake ʻia.
I ka Denature a me ka Dilute Onboard kahua, koho Enabled mai ka papa inoa iho.
E koho i ka Prep.

E hoʻouka i ka pahu pahu i hoʻoukaʻia

E koho i ka Load. Wehe ʻia ka visor mea hana a hoʻokuʻu ʻia ka pā.
E kau i ka pahu pahu i hoʻouka ʻia ma luna o ka pā me ka lepili e kū pono ana i luna a me ke kahe kahe i loko o ka mea kani.

E koho i pani.
Ke hoʻouka ponoʻia ka pahu pahu, e hōʻoia i nā palena holo a koho i ka Sequence. Hana ka mea kani i nā loiloi mua no ka mea kani a me nā fluidics.
MANAʻO: I ka nānā ʻana i ka fluidics, manaʻo ʻia e lohe ʻia kekahi mau leo popping.
E hōʻoia i ka hoʻomaka ʻana o ka holo ma hope o ka pau ʻana o nā mākaʻikaʻi ma mua o ka holo (~ 15 mau minuke). Ma kahi o 10h30 min ka holo ana.
MANAʻO: No nā hemahema o ka nānā ʻana ma mua o ka holo ʻana, e nānā i nā ʻōlelo a ka mea hana.
MANAʻO: E makaʻala ʻaʻole e kuʻi a i ʻole e hoʻopilikia i ka NextSeq™ 2000 i ka wā o ka holo ʻana. Hoʻopili ka mea kani i nā haʻalulu.

E hoʻomaʻemaʻe i ka wahi hana.

Nānā Holomua
Hoʻohana ʻo Olink i ka NGS ma ke ʻano he heluhelu no ka helu ʻana i ka nui o kahi kaʻina i ʻike ʻia i mea e koho ai i ka neʻe ʻana o kahi protein i hāʻawi ʻia i s.amples (pili i nā samples). Hoʻoholo nui ʻia ka maikaʻi o ka ʻikepili mai kēlā me kēia Explore sequencing run e nā ʻāpana QC kū hoʻokahi i ka ʻenehana Olink. No laila, ʻoi aku ka koʻikoʻi o nā ana hoʻomalu maikaʻi maʻamau i hoʻohana ʻia ma NGS maʻamau, e like me ka Q-score.
Hoʻokuʻu a hoʻolei i ka pahu pahu ma hope o ka holo

'Ōlelo Aʻo: Aia i loko o kēia pūʻulu o nā reagents nā kemika weliweli. E hoʻohana i nā lako pale pono a hoʻolei i nā reagents i hoʻohana ʻia e like me nā kūlana kūpono. No ka ʻike hou aku, e nānā i ka Illumina NextSeq 1000 a me 2000 System Guide (palapala #1000000109376).

I ka pau ʻana o ka holo ʻana, koho Eject Cartridge.
MANAʻO: Hiki ke waiho ʻia ka pahu pahu i hoʻohana ʻia me ke kahe kahe a hiki i ka holo aʻe, akā ʻaʻole ʻoi aku ma mua o 3 mau lā.
Wehe i ka pahu pahu mai ka pā.
E hoʻolei i nā reagents e like me nā kūlana kūpono.

E koho i pani pani. Hoʻouka hou ʻia ka pā.
E koho i ka Home e hoʻi i ka pale Home.
MANAʻO: No ka mea aia i loko o ka pahu nā mea hana a pau e holo ai i ka ʻōnaehana, a me kahi waihona e hōʻiliʻili ai i nā reagents i hoʻohana ʻia, ʻaʻohe pono o kahi mea holoi holoi ma hope o ka holo.

Moʻolelo hoʻoponopono

Manao	Lā	wehewehe
1.1	2022-11-01	1.2 Ua hoʻololi ʻia ʻo Olink® Mydata me Olink® NPX Explore. 2.2 Hoʻoponopono ʻia.
1.0	2021-12-01	Hou

www.olink.com
No ka noiʻi wale nō. ʻAʻole no ka hoʻohana ʻana i nā kaʻina hana diagnostic.
Loaʻa i kēia huahana kahi laikini no ka hoʻohana ʻole ʻana i nā huahana Olink. Pono paha nā mea hoʻohana kālepa i nā laikini hou. E ʻoluʻolu e kelepona iā Olink Proteomics AB no nā kikoʻī. ʻAʻohe palapala hōʻoia, i hōʻike ʻia a i ʻole i hoʻohālikelike ʻia, e ʻoi aku ma mua o kēia wehewehe. ʻAʻole kuleana ʻo Olink Proteomics AB no ka pōʻino waiwai, ka hōʻeha pilikino, a i ʻole ka poho waiwai i hana ʻia e kēia huahana.

Na Olink Proteomics AB ka inoa o keia: Olink®.
Ua uhi ʻia kēia huahana e kekahi mau patent a me nā noi patent i loaʻa ma https://www.olink.com/patents/.

© Kuleana kope 2021 Olink Proteomics AB. ʻO nā hōʻailona ʻaoʻao ʻekolu a pau ka waiwai o ko lākou mau mea nona. Olink Proteomics, Dag Hammarskjölds väg 52B , SE-752 37 Uppsala, Suedena 1193, v1.1, 2022-11-01